نهادهای ناظر بر روند انتخابات با انتقاد از چالش‌های به میان آمده در روز رأی‌دهی، می‌گویند که این چالش‌ها به دلیل عدم هماهنگی لازم میان دفتر مرکزی کمیسیون مستقل انتخابات و دفاتر مرکزی این کمیسیون به میان آمده است. نهادهای ناظر تأخیر در باز شدن برخی از مراکز رأی‌دهی، بی‌نظمی در فهرست رای‌دهی، چگونگی استفاده از دستگاه‌های بایومتریک و جابه‌جایی مواد انتخاباتی را از چالش‌های عمده‌ی انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۹۸ عنوان می‌کنند.
شمس راسخ، مسؤول بخش نظارت و ارزیابی فیفا یا بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه‌ی افغانستان، هماهنگی را یکی از عناصر مهم مدیریت روند انتخابات عنوان کرد و گفت، راهنمایی‌های کمیسیون مستقل انتخابات تا پایان روند رأی‌دهی به مسؤولان ولایتی و مسؤولان مراکز رأی‌دهی ابلاغ نشد. آقای راسخ افزود، در صورتی که هماهنگی لازم میان دفتر مرکزی کمیسیون مستقل انتخابات و مسؤول مراکز رأی‌دهی وجود می‌داشت، چالش‌های انتخاباتی تا حد زیادی کاهش می‌یافت.
حبیب الله شینواری، مسؤول برنامه‌های مؤسسه‌ی ایتوا و یا دیدبان انتخابات افغانستان می‌گوید، در صورتی که راهنمایی‌های دفتر مرکزی کمیسیون مستقل انتخابات به وقت و زمانش به مسؤولان مراکز رأی‌دهی می‌رسید، میزان افرادی که از حق رأی‌دهی در این دور انتخابات ریاست‌جمهوری محروم شدند، کاهش می‌یافت.
نهادهای ناظر درحالی از عدم هماهنگی سطح مرکزی کمیسیون مستقل انتخابات با سطح ولایتی و مراکز رأی‌دهی انتقاد می‌کنند که بی‌نظمی در فهرست رأی‌دهندگان در بیشترین مراکز رأی‌دهی وجود داشت. از همین رو کمیسیون مستقل انتخابات حوالی ساعت نه و نیم بامداد روز گذشته (ششم میزان) دستور داد، افرادی که نام شان در یکی از فهرست‌های رأی‌دهی (ورقی یا دیجیتلی) وجود داشته باشد، می‌توانند رأی خود را به صندوق بریزند. این دستور اما تا پایان روند رأی‌دهی در برخی از مراکز رأی‌دهی قابل تطبیق نبود و مسؤولان مراکز رأی‌دهی استدلال می کردند، تا زمانی که نام و مشخصات رأی‌دهندگان در دستگاه انگشت‌نگاری ثبت نباشد، اجازه‌ی رأی‌دهی داده نمی‌شود.
چالش‌های انتخاباتی:
هرچند انتخابات ریاست‌جمهوری نسبت به انتخابات پارلمانی میزان سال گذشته با چالش‌های کمتری روبه‌رو بود؛ اما مشکلات تخنیکی در انتخابات ریاست‌جمهوری انتقاد نهادها ناظر را بر انگیخته است. یافته‌های نظارتی این نهادها نشان می‌دهد که برخی از مراکز رأی‌دهی در ولایت‌های کابل، پکتیا، فراه، خوست و میدان‌وردک به دلایل تشریفات و یا نبود امنیت با یک ساعت تأخیر گشایش یافته است. گزارش بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه‌ی افغانستان (فیفا) نشان می‌دهد که تا حوالی ساعت نیمه‌روز ششم میزان حدود ۷۶۶ مرکز رأی‌دهی در یازده ولسوالی کشور به دلیل نرسیدن مواد انتخاباتی بسته مانده اند. یافته‌های نظارتی بنیاد انتخابات شفاف افغانستان (تیفا) به وضوح نشان می‌دهد که ۳۸ درصد مراکز رأی‌دهی با تاخیر باز شده اند.
همچنان یافته‌های نظارتی نهادهای ناظر نشان می‌دهد که دستگاه‌های بایومتریک در ولایت‌های کندهار، ننگرهار، خوست و کابل در شناسایی رأی‌دهندگان و طی مراحل نام آنان مشکل داشته و در مواردی این دستگاه‌ها کاملا غیرفعال بوده است. بنیاد انتخابات آزاد و عادلانه‌ی افغانستان (فیفا) اما بی‌نظمی در فهرست رأی‌دهندگان را از جدی‌ترین چالش‌های روز رأی‌دهی عنوان کرده است. مسؤولان این نهاد می‌گویند که به شمول کابل در هشت ولایت کشور نام و مشخصات رأی‌دهندگان با فهرستی که ترتیب شده است، همخوانی ندارد. حسیب معترف، مسؤول نظارت و ارزیابی این نهاد به صبح کابل گفت، در ولایت‌های کابل، ننگرهار، خوست، کندهار، پنجشیر، نیمروز، بدخشان، جوزجان و سرپل با آن که در شناس‌نامه‌های رأی‌دهندگان استیکر نصب است؛ اما نام و مشخصات آنان در فهرست رأی‌دهندگان وجود نداشته است. بنیاد انتخابات شفاف افغانستان (تیفا) در خبرنامه‌ای آورده است که بی‌نظمی در فهرست رأی‌دهندگان در ۸۸ درصد مراکز رأی‌دهی وجود داشته است.
افزون بر این گزارش شده است که در ولسوالی گذره‌ی هرات در مرکز رأی‌دهی «شهرک صنعتی» و در یکی از مراکز رأی‌دهی در ولایت غور کیفیت رنگ استفاده شده بسیار پایین بوده و رنگ انگشتان رأی‌دهندگان به سادگی قابل پاک کردن بوده است
از سویی هم، قطع بودن خدمات مخابراتی در برخی از ولایات هماهنگی دفتر مرکزی کمیسیون مستقل انتخابات را با دفاتر ولایتی و مراکز رأی‌دهی مختل کرده است. یافته‌های «تیفا» نشان می‌دهد که در روز رأی‌دهی در دوازده ولایت کشور، خدمات مخابراتی مشکل جدی داشته است. با این حال، عبدالعزیز ابراهیمی، از سخنگویان کمیسیون مستقل انتخابات پس از ظهر روز ششم میزان در یک نشست خبری گفت که به دلیل قطع بودن خدمات مخابراتی از ۹۰۱ مرکز به کمیسیون مستقل انتخابات گزارش داده نشده است که آیا در آن انتخابات برگزار شد و یا خیر. آقای ابراهیمی اما موقعیت این مراکز را روشن نکرد. او اما خاطرنشان کرد که از میان ۴هزار و ۹۴۲ مرکز در ۴هزار و ۴۱ مرکز انتخابات برگزار شده است.
میزان مشارکت
نهادهای ناظر بر روند انتخابات همچنان می‌گویند که میزان مشارکت رأی‌دهندگان نسبت به دوره‌های قبلی انتخابات ریاست‌جمهوری کمرنگتر بوده است. یافته‌های فیفا نشان می‌دهد که در ولایت‌های زابل، هلمند، کندهار و برخی از ولایات دیگر کشور مراکز تا نیمه‌های روز رأی‌دهی خالی به نظر می‌رسید. آمار این نهاد نشان می‌دهد که به احتمال غالب حدود …. میلیون نفر در این انتخابات شرکت کرده اند.
این درحالی است که انتخابات ریاست‌جمهوری طبق تقویم انتخاباتی ساعت ۷ صبح روز شنبه، ششم میزان آغاز شد و تا ساعت ۵ عصر برای یک روز در سراسر کشور ادامه یافت. هرچند کمیسیون مستقل انتخابات گفته بود این انتخابات تا ساعت ۳ پس از ظهر پایان خواهد یافت؛ اما این روند به دلیل تأخیر در گشایش برخی از مراکز رأی‌دهی و مشکلات پیش آمده در فهرست رأی‌دهندگان برای دو ساعت دیگر تمدید شد.
بر بنیاد آمار کمیسیون مستقل انتخابات، برای شرکت در این دور انتخابات ریاست‌جمهوری بیش از نه و نیم میلیون رأی‌دهنده ثبت نام کرده اند. همچنان کمیسیون مستقل انتخابات گفته است که سطح مشارکت رأی‌دهندگان را ممکن تا دو روز پس از برگزاری انتخابات اعلام کند.
این انتخابات قرار بود در ۵هزار و ۳۷۳ مرکز در سراسر کشور برگزار شود؛ اما نهادهای امنیتی از تأمین امنیت تنها ۴ هزار و ۹۴۲ مرکز اطمینان داده بودند. در این مراکز نزدیک به سی هزار محل رأی‌دهی درنظر گرفته شده بود. هزینه‌ی انتخابات دور چهارم ریاست‌جمهوری که در ششم میزان سال ۱۳۹۸ برگزار شد، ۱۴۹ میلیون دالر تخمین شده است.
