در دیدگاه سبب‌شناسی، فرضیه براین است که ترکیبی از عوامل زیستی، روان‌شناختی و اجتماعی زمینه‌ساز پیدایش اختلال‌های جنسی در اطفال، نوجوانان و کلان‌سالان است.
رویکرد زیستی برای مبتلایان به این اختلال عقیده دارد هنگامی که جنین در رحم مادر است، اگر مادر دچار فشار و استرس شود، -به خصوص درسه ماه نخست حمل- ممکن است سیستم اعصاب و هورمون‌ها در جنین، دچار اختلال شود و همین باعث شود فرد، دچار اختلال ملال جنسیتی بشود؛ چرا که علت اصلی بروز آن در فرد به عملکرد هورمون‌های بدن برمی‌گردد. تغییرات هورمونی در هفته‌ی ششم دوره‌ی جنینی آغاز شده و تا ماه سوم دوره‌ی جنینی پایان می‌گیرد؛ زیرا جنسیت نوزاد در بدو تولد کاملا تحت تاثیر ترشح یا عدم ترشح «آندروژن» ها در دوره‌ی جنینی در قبل از تولد است و تاثیر تستوسترون، بر سلول‌های عصبی مغزی، مسؤول زنانه یا مردانه‌شدن مغز، در نواحی مانند هیپوتالاموس بستگی دارد. از این دیدگاه هرچند از ۳ تا ۴ سالگی می‌تواند هویت جنسی خودش را تشخیص دهد ولی حالت‌های افراد مبتلا به ملال جنسیتی از دوران بلوغ به‌خوبی نمایان می‌شود و قابل تشخیص است چون تمایل به جنس مخالف در این دوره شروع می‌شود.
در دیگاه اجتماعی، سبک هویت زنانه یا مردانه در انسان، بیشتر تابع عوامل پس از تولد است تا قبل از تولد؛ چون احساس منفعل بودن به جنس مرد یا زن بیشتر نتیجه‌ی تعاملات میان طفل؛ ارزش‌ها و نگرش‌های والدین است و براساس این رویکرد عوامل فامیلی و اجتماعی در قالب ایفای نقش، الگوسازی و نقش‌های وابسته به جنسیت موجب پیدایش اختلال ملال جنسیتی می‌شود.
از دیدگاه روان‌شناختی سبک فرزندپروری، چند تربیتی، رشد کردن در میان جمع‌های کاملا زنانه و برعکس، تشویق در کودکی برای پوشیدن لباس دخترانه یا پسرانه توسط والدین، سرزنش مادر توسط پدر وبرعکس، مداخله‌ی بیش‌ازحد مادر، دوری از پدر، ازجمله عواملی استند که در پیدایش این اختلال تاثیرگذارند و درکنارش این افراد از لحاظ یک‌پارچگی من، قابلیت‌های شخصی، تعامل‌های اجتماعی و سبک‌های یادگیری دچار مشکل می‌باشند.
درکل این باور وجود دارد که ملال جنسیتی تحت تاثیر ادراک نقش‌های جنسیتی، جامعه‌پذیری جنسی و وجود کلیشه‌های مربوط به ساختار اجتماعی قدرت، در یک فرهنگ قرار می‌گیرد و دو عامل محیط و وراثت در پیدایش احساسات مربوط به خودابرازی و هویت جنسی در افراد مبتلا به این اختلال تاثیرگذار باشد
در ادامه به تقسیم‌بندی ملال جنسیتی می‌پردازیم.
ملال جنسیتی در اطفال
در اطفال رفتارهای متقابل با جنسیت در بین ۲ تا ۴ سالگی ممکن است شروع شود. همان سنی که به‌طور طبیعی کودکان رفتارهای مطابق با جنسیت خود را بروز می‌دهند؛ اما در اطفال با ملال جنسیتی نشانه‌هایی از رفتار و بیانات متقابل با جنسیت به‌صورت پایدار و مستمر دیده می‌شود.
میل شدید به اینکه از جنسیت دیگر باشد، تمایل زیاد به پوشیدن کالاهای جنس دیگر، ترجیح شدید به نقش‌های جنسیت متقابل در بازی‌ها، ترجیح زیاد به گرفتن هم‌بازی از جنس مخالف، مقاومت زیاد به بازی با وسایل متناسب با جنسیت، نگرش منفی به آناتومی جنسی ، تمایل زیاد به داشتن ویژگی‌های جنسیِ جنس مخالف .
ملال جنسیتی در نوجوانان و کلان‌سالان
در این گروه نشانه‌ها طبق راهنمای تشخیصی و آماری اختلال‌های روانی (DSM) تشخیص اختلال ملال جنسیتی بر اساس آن‌که نشانه‌ها حداقل دو مورد زیر را نشان دهند به‌طوری که حداقل شش ماه طول بکشد:
تمایل شدید برای از بین بردن خصوصیات جنسی، تمایل شدید به داشتن خصوصیات جنسی، جنس دیگر، اعتقاد قوی به اینکه احساسات و واکنش‌هایش متعلق به جنس دیگر است، تمایل شدید به اینکه جنسیت مخالف با آنچه دارد، داشته باشد
تمایل شدید به انجام رفتار مانند جنس مخالف.
