مساله‌ی مهاجرین افغان در ایران، از پیچیده‌ترین موضوعات روز، بین دو کشور، مردم ایران و افغانستان است.
مهاجرین افغان، در سالهای ۱۳۵۰ شمسی و حکومت پهلوی نیز، به ایران مهاجرت می‌کردند و این مهاجرت بیشتر اقتصادی بود. این مهاجرت‌ها، فقط به ایران صورت نمی‌گرفت، بلکه با رشد قیمت نفت، بسیاری از کشورهای خلیج فارس، برنامه‌های توسعه‌ی اقتصادی را به اجرا گذاشتند و این برنامه‌ها نیازمند نیروی انسانی بود.
اما در سالهای پایانی دهه‌ی ۱۳۵۰ شمسی، تحولات سیاسی‌ای که در منطقه صورت گرفت، باعث شکل‌گیری موج جدیدی از مهاجرت در منطقه شد. انقلاب اسلامی سال ۱۳۵۷ شمسی و حضور نظامیِ اتحاد جماهیر شوروی در افغانستان، باعث شد که جریان مهاجرت شکل تازه‌ای به خود بگیرد.
انقلاب اسلامی در ایران به رهبری ایت‌الله خمینی، شعارهای انقلاب و تبلیغات برای یک اسلام جهان‌شمول، بسیاری از شیعیان و افغان‌ها را مجذوب این انقلاب کرد. در حدی که بسیاری از افغان‌ها جریان انقلاب و تحولات روزبه‌روز در ایران را پیگیری می‌کردند و با ورود نیروی نظامی اتحاد جماهیر شوروی، بسیاری از افغان‌ها تحت تاثیر شعارهای اسلام بدون مرز و برادری و برابری به ایران مهاجرت کردند. با آغاز جنگ بین ایران و عراق تعدادی به جنگ هم رفتند.
سیاست‌های جمهوری اسلامی بین سالهای ۱۳۵۷- ۱۳۶۸ شمسی تا هنگام درگذشت ایت الله خمینی و پایان جنگ، بر همین اساس بود.
-افغان‌ها، در ابتدا توسط انقلابیون، برادر خطاب می‌شدند. این برادری، فقط جنبه‌ی اخلاقی، دینی و انقلابی داشت،
-اسلام مرز نداشت و مهاجرین افغان می‌توانستند در شهرها مسکن برگزینند، یا به‌عنوان نیروی جنگی، پشت جبهه‌ی جنگ خدمت کنند،
ـ مهاجرینی که عضو احزاب اسلامی و تحت حمایت دولت جمهوری اسلامی بودند، تسهیلات تحصیل در حوزه‌های علمیه داشتند؛ اما جوانان افغان خارج از این حوزه، نمی‌توانستند وارد دانشگاه‌های ایران شوند.
ـ تحصیل کودکان در مدارس جدی گرفته نمی‌شد و برخی نیز امکان ورود به مدارس را نداشتند.
ـ افغان‌ها نیز جیره‌ی غذایی و سوخت دریافت می‌کردند.
این وضعیت تا پایان جنگ بین ایران و عراق ادامه داشت؛ زیرا رهبران انقلاب نمی‌خواستند که دچار چالش دیگری در منطقه شوند. از آنجایی که ارتش روسیه در افغانستان مستقر شده بود، منافع جمهوری اسلامی مورد تهدید قرارگرفته بود و ممکن بود که کمونیست‌های ایرانی که مترصد بودند در فرصتی مناسب به ایران حمله کنند.
بنابراین سیاست جمهوری اسلامی بر این بود که همه جنبش‌های اسلامی و به‌خصوص شیعی را در منطقه تقویت کنند و با آرمان‌های انقلاب اسلامی هماهنگ کنند. بنابراین اطلاعات ایران با رخنه‌کردن در بین مهاجرین افغان، می‌توانستند به‌راحتی اوضاع منطقه را کنترل کنند. به این وسیله آنان پاکستان و افغانستان را در دست داشتند و مرزهای شرقی امن بود.
پس از جنگ و درگذشت آیت‌الله خمینی، که وضعیت تغییر کرد. وضعیت افغان‌ها نیز مورد سوال قرارگرفت. بسیاری از افغان‌ها که در خدمت جمهوری اسلامی بودند، به نسبت نیازمندی‌های آنان تعدیل شدند و بسیاری با برنامه‌ریزی‌های سیاسی، قراردادها و مذاکرات، به افغانستان بازگردانده شدند.
سیاستش‌هایی که در سالهای اخیر صورت گرفته است، مطرح شده است.
ممکن است که صورت مساله بسیار ساده باشد؛اما این تقابل، پیامدهایی برای جمهوری اسلامی داشته است. تحریم‌هایی که ایالات متحده، جهت مهارکردن و تقابل با سیاست‌های منطقه‌ای ایران وضع کرده است، به‌شدت بر اقتصاد و جامعه‌ی ایران تاثیرگذار بوده است.
تورم به‌صورت تصاعدی رشد کرده است و برنامه‌های توسعه‌ی اقتصادی در این کشور را، دچار چالش شدید کرده است. دولت با مشکلات عدیده‌ای روبه‌رو است و بحران اقتصادی، باعث شده است که مشروعیت دولت دچار بحران شود.
ایالات متحده‌ی امریکا، به خاطر نگرانی از مورد تهدید قرار گرفتن اسراییل در منطقه، سعی دارد که ایران را به بهانه‌های مختلف، تحت فشار قرار دهد. با اطلاعاتی که رهبران اسراییل منتشر می‌کنند، ایران در نواحی جنوبی سوریه، تحرکات نظامی انجام داده است که نگرانی‌هایی را برانگیخته است.
ایران سعی دارد که تهدیدهای ایالات‌متحده را، از موضع قدرت جواب بدهد؛ اما دولت‌مردان، بدون اینکه مواضع و منافع خود را بررسی کنند، به مسایلی اشاره می‌کنند که به‌زعم خودشان، می‌تواند منافع ایالات متحده را در منطقه تهدید کند.
سیاست اخراج افغان‌ها از ایران، چطور می‌تواند مواضع امریکا را در منطقه به خطر بیندازد، جز اینکه ایران با طرح این موضوع، چالش جدیدی را ایجاد می‌کند و افکار عمومی را تحت تاثیرقرار می‌دهد. به این معنا که ایران ممکن است منافع اقتصادی خود را در افغانستان به خطر بیندازد.
از سوی دیگر سوالات دیگری در این میانه ایجاد می‌شود. دولت‌مردان ایرانی، باوجود هوشیاری و توانایی‌ای که دارند، تنها منافع مورد تهدید ایالات متحده را در منطقه فقط برادران افغان خود می‌دانند؟ یعنی افغان‌ها دیپلمات‌های ایالات متحده در خاک ایران به شمار می‌آیند؟
